Xây dựng và áp dụng công nghệ ONT trong giải trình tự toàn bộ hệ gen vi rút Dengue

Tóm tắt

 Hiện nay, công nghệ giải trình tự thế hệ mới đã có những bước tiến vượt bậc, trở thành công cụ quan trọng trong nghiên cứu y sinh. Giải trình tự thế hệ thứ 3 ứng dụng công nghệ Oxford Nanopore (ONT) với ưu điểm giải trình tự đoạn dài, chi phí thấp, và có thể thực hiện nghiên cứu ngay tại chỗ, đặc biệt ở những khu vực có nguồn lực hạn chế đã mở ra nhiều cơ hội mới trong nghiên cứu và giám sát bệnh mới nổi và tái nổi, đặc biệt là vi rút Dengue (DENV). Viện Pasteur TP. HCM đã tích lũy được nhiều kinh nghiệm và thành công trong việc xây dựng và áp dụng giải trình tự ONT để giám sát dữ liệu SARS-CoV-2. Dựa trên những thành tựu đó, chúng tôi triển khai nghiên cứu xây dựng quy trình giải trình tự toàn bộ hệ gen DENV bằng mồi đặc hiệu, sử dụng công nghệ ONT. Quy trình bao gồm các bước thiết kế mồi, tách chiết RNA, chuẩn bị thư viện, giải trình tự trên thiết bị MinION Mk1C và phân tích kết quả bằng các phần mềm tin sinh học. Quy trình đã được đánh giá sơ bộ và kết quả bước đầu cho thấy trình tự của 16 mẫu nghiên cứu có độ phủ ngang từ 79% đến 99% hệ gen DENV với độ phủ sâu từ 59X đến 28295X.